有机肥生产的全过程可简单分为三个过程：预处理、一次发酵、后造粒。

1.预处理所需的有机肥设备为有机肥造粒机：堆肥原料运至堆场后，称重后送至混合搅拌装置（用清水），再加入有机生物发酵复合菌（每吨原料加1-2kg）,并根据原料成分调整比例和水分，混合后进入下一道工序。注：堆肥原料应提前几小时处理，用水浸泡。用于稀释生物发酵菌的水应视为无消毒剂的饮用水。

2.发酵环节：用装载机将混合原料送入发酵车间，堆放成发酵堆，同时堆放约2天，补充水分和营养，控制发酵温度50℃～65℃,有氧发酵，发酵周期为8天，每天进入一池原料生产一池半成品，半成品出料后，准备进入下一道工序。

3.原料后造粒:对堆肥成品进行筛分。筛出造粒后，送入烘干机烘干，按比例添加各种添加剂，搅拌混合制成成品，分装后存放干燥保存。筛子返回粉碎过程继续操作。