有机肥设备厂家在研究有机肥使用的过程中研究结果表明，有机肥施肥相比较普通的化肥，长期的有机肥的使用不仅可以显著的提高土壤的微生物，还可以改善土壤的霉酸活性，从而可以使得土壤的微生物群可以均匀的分布，对植物也有一定的益生菌群，比如假单胞菌，芽孢杆菌、拟杆菌等丰富度增加拟杆菌等丰富度增加,而喜酸环境的酸杆菌类显著减少,这是长期使用有机培肥抑制土壤酸化的根本原因.

另外在客户使用有机肥的过程中还发现，还可以使得土壤里边土壤氮素循环相关的功能基因拷贝数显著增多,同时,施用有机肥和有机无机复混肥还能降低土壤有机质分解,并有助于土壤有机质积累和土壤团粒结构.这些研究结果的取得为提高有机肥施用量,减少化肥用量提供了重要的理论支撑.

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