生物菌肥和有机肥都是一种能够促进土壤健康和提高农作物产量的肥料，但二者的作用机制和作用区别如下：

1、作用机制：有机肥中主要包含一些植物残体、动物粪便等有机物质，这些有机物质会分解释放养分供植物吸收；而生物菌肥则是通过添加或培养一些有益的微生物菌群，来促进土壤中的生物活性和代谢过程，从而改善土壤环境和提高土壤肥力。

2、营养成分：有机肥中含有比较丰富的氮、磷、钾等营养元素，而生物菌肥中则含有大量的有益微生物和代谢产物，例如植物生长激素、抗病物质和抗逆因子等。

3、对土壤的影响：有机肥可以增加土壤的有机质含量和改善土壤结构，从而提高土壤保水保肥能力；而生物菌肥则可以通过调节土壤微生物群落和生态平衡，促进土壤肥力的提高和有害微生物的控制。

4、使用方法：有机肥可以直接施于土壤表层，也可以与其他肥料混合使用；而生物菌肥则通常需要进行专门的培育和搭配使用，以便充分发挥微生物菌群的作用。

总之，生物菌肥和有机肥都是优秀的土壤改良剂和肥料，二者的适用范围和作用机制有所不同，具体使用时需要根据实际情况和需求进行选择。